Em março de 2006, o então procurador-geral da República, Antonio Fernando de Souza, enviou ao Supremo Tribunal Federal a denúncia do mensalão. Nela constavam 40 acusados de participar do esquema. Dois bancos haviam abastecido o mensalão, mas apenas os dirigentes de um, o Rural, haviam sido denunciados. A cúpula do BMG não fora incluída entre os réus porque o Ministério Público queria investigar melhor as relações do banco com o governo petista. Apesar disso, Antonio Fernando apontou como o BMG participara do mensalão: “Buscando o recebimento de ganhos indevidos do governo federal, o que de fato ocorreu, os dirigentes do BMG injetaram recursos milionários na empreitada delituosa, mediante empréstimos simulados”. Pelo menos um ganho, segundo Antonio Fernando, ficara comprovado: “O BMG foi flagrantemente beneficiado por ações do núcleo político-partidário, que lhe garantiram lucros bilionários na operacionalização de empréstimos consignados de servidores públicos, pensionistas e aposentados do INSS, a partir do ano de 2003”.

Antonio Fernando enviou as informações da investigação do mensalão a seus subordinados em Minas Gerais ainda em 2006. Em dezembro daquele ano, a Procuradoria da República denunciou quatro diretores do BMG por gestão fraudulenta e falsidade ideológica. Na peça – inédita até hoje e a que ÉPOCA teve acesso –, Ricardo Guimarães, João Batista de Abreu, Márcio Alaôr de Araújo e Flávio Guimarães, os diretores do BMG, são acusados pelo Ministério Público Federal de liberar mais de R$ 43 milhões “mediante empréstimos simulados” ao PT e às empresas de Marcos Valério. Foram cinco operações, entre fevereiro de 2003 e julho de 2004. A Procuradoria também processa por falsidade ideológica os petistas José Genoino e Delúbio Soares, Marcos Valério, sua mulher, Renilda Fernandes de Souza, e seus sócios nas empresas, Ramon Hollerbach Cristiano de Mello Paz e Rogério Tolentino. O processo corre em segredo de Justiça – a Justiça Federal aceitou a denúncia contra todos os réus e diz que o caso está pronto para ser julgado.


Na denúncia, o Ministério Público concluiu que os quatro dirigentes do BMG cometeram crime de gestão fraudulenta, na forma de “pretensos empréstimos, irregularmente autorizados pelos diretores da instituição financeira, a empresas com situação econômico-financeira sabidamente deficitária, incompatível com o montante emprestado e com frágeis garantias”, nas palavras do procurador Patrick Salgado Martins. O MP afirma que o BMG emprestou dinheiro de modo displicente, sem esperar que o PT ou Marcos Valério pagassem a dívida. Salgado se convenceu disso porque o BMG perdoou altos valores na rolagem das dívidas e pela falta de registro contábil dos empréstimos nas empresas de Valério. É incomum que bancos concedam mais prazo ou mais dinheiro sem receber uma parte do pagamento. O comportamento do BMG fugia ao padrão dos conservadores bancos brasileiros. O banco só começou a cobrar o PT em junho de 2005, quando o escândalo do mensalão estava na praça